乳腺癌目前是女性患者癌症死亡的主要原因之一，而转移是患者死亡的主要原因。因此针对此类患者进行有效的治疗策略是十分必要的，这可以降低乳腺癌转移性复发的可能性并改善新生转移性乳腺癌(MBC)患者的预后, 目前越来越多的研究表明多组学分析在临床实践中的整合可以影响MBC的治疗策略。

       近来Philippe Aftimos教授及其团队针对乳腺癌基因展开了相关研究，旨在通过对原发肿瘤和早期转移瘤进行多组学分析，研究转移性乳腺癌(MBC)的复发过程。

       实验纳入了381例患者样本 (原发肿瘤和转移对：252个靶向基因测序，152个RNA测序，67个单核苷酸多态性阵列)，收集的样本包括原发肿瘤的FFPE组织、FFPE和转移性活检的新鲜冷冻样本、全血、血浆和血清。检查标准包含IHC后雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)、 HER2 TGS等。使用SNP阵列对可用的肿瘤样本分批进行RNA-seq和CNV分析。
       在转录组分析中，肝脏基因被排除在外。实际上，使用UMAP对样本的活检部位进行可视化显示，肝脏样本聚集在一起，并连续收集的残留FFPE肿瘤样本、冷冻肿瘤样本、血浆和血清样本(每6个月和每次疾病进展时，最长可达10年)分批装运并存储在研究生物库。
       研究人员发现了GATA1和MEN1体细胞突变的驱动作用。转移灶富集于ESR1、PTEN、CDH1、PIK3CA和RB1突变、MDM4和MYC扩增和ARID1A删除，ERBB2和RB1等驱动基因的克隆性增加。36%的病例中发生内在亚型的转换。腔内A/B到her2富集的转换与TP53和/或PIK3CA突变相关。在HR+/HER2型癌症中，高的肿瘤突变负担与较短的复发时间相关。51%的患者检测到了ESCAT I/II级改变，7%的患者采用了相应治疗。
       该实验通过对381名乳腺癌患者的原发和转移样本进行基因组和转录组分析，并结合前瞻性收集的临床数据，确定了转移和预后生物标志物中富集的基因组改变，这可能对新治疗策略的制定是一个新的出发点。